2.1.
Op 1 september 2015 heeft belanghebbende een koopovereenkomst gesloten, inhoudende de koop van een perceel met opstallen, gelegen aan de [a-straat 1] te [A] (hierna: de onroerende zaak). De onroerende zaak bestaat uit grond en verschillende opstallen, die deels zijn verhuurd en deels ontwikkeld werden of ontwikkelpotentieel hadden. De realisatie van appartementen had reeds een aanvang genomen.
2.2.
Partijen zijn een koopprijs overeengekomen van € 44.175.000, exclusief een nader vast te stellen verhoging voor verhuurkosten ten behoeve van twee huurders en het realiseren van appartementen. De levering is bepaald op 1 december 2015.
2.3.
In artikel 1 van de koopovereenkomst is het volgende bepaald:
“1. Omzetbelasting & overdrachtsbelasting, kosten, verhoging koopsom
1. De overdrachtsbelasting berekend over de als grondslag geldende waarde van het Verkochte, vermeerderd of verminderd als bepaald in de Wet op belastingen van rechtsverkeer, is voor rekening van koper.
2. Verkoper verklaart voor wat betreft het Verkochte dat hij ondernemer is in de zin van de Wet op de Omzetbelasting 1968. Partijen kwalificeren de levering van het Verkochte als een levering van een algemeenheid van goederen waarop artikel 37 d van de Wet op de Omzetbelasting van toepassing is. In het geval dat artikel 37 d van de Wet op de Omzetbelasting niet van toepassing blijkt te zijn, verklaart Verkoper hierbij dat de levering van het Verkochte niet van rechtswege belast wordt met Omzetbelasting.
3. Alle kosten, rechten en overdrachtsbelasting ter zake van deze koopovereenkomst alsmede de kosten van eigendomsoverdracht zijn voor rekening van koper.
4. De kosten voor het doorhalen van (hypothecaire) inschrijvingen zijn voor rekening van verkoper.
5. Koper erkent en aanvaardt dat de kosten die verkoper vanaf 12 augustus 2015 heeft gemaakt (i) ten gunste van de verhuur van het verkochte aan [B] en [C] en (ii) ten gunste van de in het B-gebouw te realiseren appartementen, bij de koopsom zullen worden opgesteld en op de datum van levering door koper aan verkoper voldaan zullen worden. Verkoper zal koper informeren over de te maken kosten en om de viertien [sic] dagen een geactualiseerd kostenoverzicht produceren en aan koper toezenden.
6. Koper heeft het recht de levering met ten hoogste één maand uit te stellen, dus van uiterlijk 1 december 2015 tot uiterlijk 1 januari 2016, door betaling van tweehonderdduizend euro aan verkoper uiterlijk op 1 december 2015. Koper heeft het recht, om na gebruikmaking van het hiervoorbedoelde recht, de levering voor de tweede keer met één maand uit te stellen, derhalve tot 1 februari 2016, door betaling van nogmaals tweehonderdduizend euro aan Verkoper, uiterlijk op 1 januari 2016. Koper heeft het recht om na gebruikmaking van voorenbedoelde twee rechten, de levering voor de derde keer met één maand uit te stellen, derhalve tot 1 maart 2016, door betaling van nogmaals tweehonderdduizend euro aan Verkoper, uiterlijk op 1 februari 2016.”
2.4.
Op 29 februari 2016 is de akte van levering door partijen getekend. De verhoging van de koopprijs met de kosten voor de verhuur en het realiseren van appartementen wordt daarbij vastgesteld op € 293.114. Doordat belanghebbende de levering drie maal heeft uitgesteld is zij daarvoor een bedrag van € 600.000 aan verkoper verschuldigd. Voor de berekening van de verschuldigde overdrachtsbelasting gaat de notaris in de akte van levering uit van een totale tegenprestatie van € 45.068.100, te weten de koopprijs inclusief de verhuurkosten van € 293.114 en de vergoeding van € 600.000 voor de uitgestelde levering.
2.5.
Na de voldoening van de overdrachtsbelasting heeft belanghebbende op 23 maart 2016 (op het bezwaarschrift is abusievelijk 2015 in plaats van 2016 vermeld) een bezwaarschrift ingediend tegen de voldoening op aangifte van overdrachtsbelasting tot een bedrag van € 36.000, zijnde 6% van de vergoeding van € 600.000 voor de uitgestelde levering. Het bezwaar van belanghebbende ziet niet op de overdrachtsbelasting die is voldaan over het gedeelte van de koopsom voor een bedrag van € 44.468.114.