De Hoge Raad:
verklaart het principale beroep in cassatie van belanghebbende gegrond,
verklaart het incidentele beroep in cassatie van belanghebbende ongegrond,
vernietigt de uitspraak van het Hof uitsluitend wat betreft de verhogingen ter zake van de IB/PVV voor de jaren 1990 tot en met 1992 en ter zake van de VB voor de jaren 1991 tot en met 1993,
verklaart het beroep gegrond voor zover het betrekking heeft op die verhogingen,
vernietigt de uitspraken op bezwaar in zoverre,
scheldt die verhogingen kwijt,
gelast dat de Staat aan belanghebbende vergoedt het door deze ter zake van de behandeling van het beroep in cassatie betaalde griffierecht ten bedrage van € 112, en
veroordeelt de Staatssecretaris van Financiën in de kosten van het geding in cassatie aan de zijde van belanghebbende, vastgesteld op € 1888 (in verband met het principale beroep van belanghebbende) en de helft van € 944 (in verband met het ingetrokken beroep van de Staatssecretaris van Financiën), derhalve in totaal € 2360, voor beroepsmatig verleende rechtsbijstand.
Dit arrest is gewezen door de raadsheer C. Schaap als voorzitter, en de raadsheren M.A. Fierstra en Th. Groeneveld, in tegenwoordigheid van de waarnemend griffier A.I. Boussak-Leeksma, en in het openbaar uitgesproken op 11 oktober 2013.