De Rechtbank wees haar beroep echter af en bevestigde de opvatting dat een niet-vrijgestelde winst was gemaakt ad € 8.247.129:
“Beoordeling van het geschil
Overgangsrecht gelijkgestelde deelneming
9. Artikel VIIId van de Wet werken aan winst (het overgangsrecht) luidt:
“Ingeval de belastingplichtige een belang bezit dat geen deelneming is maar waarop tot en met 31 december 2006 bij hem de deelnemingsvrijstelling van artikel 13 van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 , zoals dat artikel toen luidde, wel van toepassing was omdat dat bezit ingevolge artikel 13, derde lid, laatste volzin, met een deelneming werd gelijkgesteld, wordt tot 1 januari 2010 dat belang gelijkgesteld met een deelneming als waarvan sprake is in artikel 13, tweede lid, van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 zoals dat artikel luidt met ingang van 1 januari 2007.”
10. In de parlementaire geschiedenis is het overgangsrecht als volgt toegelicht:
“4. Deelnemingsvrijstelling
(…) In de derde plaats wordt er een overgangsregeling getroffen voor gelijkgestelde deelnemingen. Deze overgangsregeling houdt in dat voor aandelenbelangen die op 31 december 2006 als gelijkgestelde deelneming zijn aangemerkt, nog maximaal drie jaar de deelnemingsvrijstelling blijft gelden.
(…)
Onderdeel IV
Artikel VIIId bevat overgangsrecht. Dit artikel regelt dat de deelnemingsvrijstelling nog maximaal 3 jaar van toepassing blijft op belangen van minder dan 5% die volgens de huidige regeling zijn gelijkgesteld met een deelneming omdat het aanhouden van het belang in de lijn ligt van de normale uitoefening van de door de belastingplichtige gedreven onderneming of omdat met de verwerving het algemene belang gediend is geweest. Ondernemingen hebben hierdoor nog 3 jaar de tijd om hun bezit aan te passen aan het nieuwe deelnemingsregime.”
Tweede Nota van wijziging, Kamerstukken II 2006/07, 30 572, nr. 12, blz. 6 en 15
11. Het primaire standpunt van eiseres [de belanghebbende; PJW] dat het overgangsrecht niet op het belang van toepassing is, kan als zodanig niet aan de orde komen in het onderhavige geschil, nu dit geschil zich beperkt tot het jaar 2010 en het overgangsrecht betrekking had op de jaren 2007, 2008 en 2009. Voor die jaren neemt de rechtbank, gegeven het primaire standpunt van eiseres, als uitgangspunt dat de aanslagen vennootschapsbelasting conform het overgangsrecht zijn vastgesteld. De vraag of de deelnemingsvrijstelling in 2010 nog op het belang van toepassing is, beantwoordt de rechtbank negatief, omdat gezien de duidelijke wettekst en de toelichting, als opgenomen onder 9 en 10, het overgangsrecht beperkt is tot 1 januari 2010.
Omvang van het resultaat
12. Vast staat dat op 31 december 2009 het belang een waarde had van € 14.131.514. Gegeven het oordeel onder 11 is vanaf 1 januari 2010 het deelnemingsregime niet meer van toepassing op het belang. Gelet hierop heeft verweerder [de Inspecteur; PJW] het in de heffing begrepen verkoopresultaat op juiste wijze berekend nu hij daarbij is uitgegaan van de boekwaarde per 31 december 2009. Het is namelijk in overeenstemming met de strekking van de deelnemingsvrijstelling om, indien de desbetreffende aandelen hun status van deelneming verliezen - in dit geval op 31 december 2009 - , de nadien behaalde winst te berekenen uitgaande van de waarde van de aandelen bij het einde van voormeld tijdvak en daarbij deze waarde aan te merken als de kostprijs van die aandelen (vergelijk HR 22 januari 1997, nr. 31.748, LJN: AA3196, BNB 1997/101). Derhalve faalt het subsidiaire standpunt van eiseres.
Aflopende deelneming
13. Naar het oordeel van de rechtbank kan het belang niet als een aflopende deelneming worden aangemerkt. Immers eiseres heeft met betrekking het belang nimmer aan de in artikel 13, zestiende lid, van de Wet gestelde voorwaarde van ten minste 5% voldaan. Derhalve faalt ook het meer subsidiaire standpunt van eiseres.
14. De toepassing van de wet leidt mede gezien de jurisprudentie over de compartimentering aldus eiseres tot onredelijke uitkomsten: niet behaalde winsten worden belast en niet geleden verliezen zijn aftrekbaar. De rechtbank erkent dat een sfeerovergang in combinatie met compartimentering tot een belaste uitkomst kan leiden die niet meer overeenkomt met het daadwerkelijk in economische zin behaalde resultaat. De rechtbank kan eiseres evenwel niet volgen in haar standpunt dat met de compartimenteringsleer zoals door de Hoge Raad bevestigd en nader geduid in het onder 12 genoemde arrest, geen sprake zou zijn van een redelijke wetstoepassing. Zo leidt compartimentering er toe dat een resultaat waarop de deelnemingsvrijstelling van toepassing is geweest, niet in de belaste periode in aanmerking wordt genomen. In geval van eiseres is dat niet anders: door middel van compartimentering wordt voorkomen dat de (positieve en negatieve) resultaten waarop de deelnemingsvrijstelling is toegepast, niet [sic; PJW] alsnog in de belaste periode in aanmerking worden genomen. De uitkomst daarvan is echter naar de rechtbank vaststelt, niet alleen afhankelijk van de sfeerovergang en compartimentering, maar wordt evenzeer bepaald door de omstandigheden van het geval die mede zijn beïnvloed door de keuzen van eiseres. De rechtbank komt eiseres derhalve niet tegemoet in haar verzoek om de compartimentering buiten toepassing te laten.”