Overwegingen
1. In geschil is of de aanslag tijdig aan eiser is bekendgemaakt.
2. Op grond van artikel 11, derde lid, van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (de Awr) vervalt de bevoegdheid tot het vaststellen van de aanslag door verloop van drie jaren na het tijdstip waarop de belastingschuld is ontstaan.
3. De rechtbank overweegt dat de belastingschuld is ontstaan op 31 december 2009 en dat de bevoegdheid tot het vaststellen van de aanslag, afgezien van verleend uitstel, is vervallen op 31 december 2012.
4. Op grond van artikel 5, eerste lid, van de Awr geldt de dagtekening van het aanslagbiljet als dagtekening van de vaststelling van de belastingaanslag. Van deze regel wordt afgeweken indien aannemelijk is dat het aanslagbiljet pas na de dagtekening ter post is bezorgd. Voor de toepassing van artikel 5, eerste lid, van de Awr in verbinding met artikel 11, derde lid, van de Awr komt de datum van bekendmaking dan in de plaats van de dagtekening van het aanslagbiljet. Hieruit volgt dat de aanslag niet is vastgesteld binnen de daarvoor geldende termijn indien het aanslagbiljet weliswaar voor het verstrijken van die termijn is gedagtekend, maar de aanslag niet binnen die termijn op de voorgeschreven wijze bekend is gemaakt.
5. Eiser stelt en de rechtbank acht aannemelijk, dat hij de aanslag op 3 januari 2013 heeft ontvangen.
6. De bewijslast met betrekking tot het tijdstip van de bekendmaking van de aanslag rust bij de inspecteur (vgl. HR 18 april 2014, nr. 13/04796, ECLI:NL:HR:2014:930). Met het tot de gedingstukken behorende rapport van Belastingdienst/Centrale Administratie en hetgeen verweerder overigens heeft aangevoerd acht de rechtbank aannemelijk gemaakt dat het aanslagbiljet vóór 31 december 2012 per post is verzonden. De aanslag is naar het oordeel van de rechtbank dan ook tijdig bekendgemaakt. De bekendmaking van de aanslag heeft in het onderhavige geval in overeenstemming met de hoofdregel van artikel 3:41, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht plaats gehad door toezending van het aanslagbiljet.
7. Ingevolge artikel 30f van de Awr wordt, voor zover hier van belang, met betrekking tot inkomstenbelasting heffingsrente berekend ingeval een aanslag wordt vastgesteld. De rechtbank stelt vast dat eiser tegen de hoogte van de heffingsrente als zodanig geen aparte gronden heeft aangevoerd. Wel heeft eiser het standpunt ingenomen dat de heffingsrente dient te vervallen als de aanslag vervalt. Dit standpunt is op zichzelf juist, maar kan eiser, gegeven het onder overweging 6 gegeven oordeel, niet baten. Naar het oordeel van de rechtbank heeft verweerder bij het vaststellen van de aanslag terecht heffingsrente berekend.
8. Gelet op het voorgaande is het beroep ongegrond verklaard.
9. Het bezwaarschrift van eiser is gedagtekend 3 februari 2013 en door verweerder ontvangen op 6 februari 2013. Niet in geschil is dat de redelijke termijn voor het doen van uitspraak op bezwaar in onderhavige zaak is overschreden. De rechtbank heeft daarom, overeenkomstig het standpunt van verweerder, een schadevergoeding tot een bedrag van € 500 aan eiser toegewezen.
10. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.
Deze uitspraak is gedaan door mr. R.C.H.M. Lips, rechter, in aanwezigheid van mr. T. Blauw, griffier. De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 16 juni 2015.