Overwegingen
1. Eiser heeft op 2 april 2015 beroep ingesteld. Bij uitspraak van 15 oktober 2015 is het beroep met toepassing van artikel 8:54 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) niet-ontvankelijk verklaard wegens het niet voldoen van het griffierecht. Het daartegen gerichte verzet is bij uitspraak van 26 april 2016 gegrond verklaard, omdat in de uitspraak van 15 oktober 2015 niet is beslist op het verzoek om een schadevergoeding wegens termijnoverschrijding.
2. De niet-ontvankelijkheid van het beroep staat tussen partijen niet ter discussie. In geschil is slechts of de rechtbank een vergoeding ter zake van immateriële schade dient toe te kennen wegens overschrijding van de redelijke termijn.
3. Verweerder heeft aangevoerd dat niet aan de toekenning van een vergoeding wordt toegekomen in geval van niet-ontvankelijkverklaring van een beroep. Blijkens de formulering van de Hoge Raad in het arrest van 19 februari 2016, ECLI:NL:HR:2016:252, dient het te gaan om de procedure over een belastingaanslag. Daarmee wordt volgens verweerder de beperking aangebracht dat er een inhoudelijke beoordeling van het materiële geschil is geweest. In geval van niet-ontvankelijkverklaring wordt de zaak niet inhoudelijk beoordeeld door de rechter, waardoor deze ook niet kan beoordelen of er bijvoorbeeld gronden zijn voor verlenging van de redelijke termijn, of sprake is van samenhang en of sprake is van een zeer gering financieel belang.
4. Uit het arrest van de Hoge Raad van 4 maart 2016, ECLI:NL:HR:2016:352, leidt de rechtbank af dat niet is uitgesloten dat bij een niet-ontvankelijk beroep een vergoeding wordt toegekend voor geleden immateriële schade. Indien immers het verzoek zonder meer afgewezen zou moeten worden, omdat niet aan een inhoudelijke beoordeling van het beroep is toegekomen, had in de desbetreffende zaak geen verwijzing behoeven plaats te vinden naar de Rechtbank Zeeland-West-Brabant en had de Hoge Raad de zaak zelf kunnen afdoen. Wel geldt als voorwaarde dat sprake is van een situatie waarin het geschil (inhoudelijk) aan de rechter is voorgelegd (vgl. Hoge Raad 11 januari 2013, ECLI:NL:HR:2013:BX8360), nu het basisprincipe voor de toekenning van een vergoeding is dat de rechtszekerheid als algemeen aanvaard rechtsbeginsel, dat aan artikel 6 van het EVRM mede ten grondslag ligt, meebrengt dat belastinggeschillen binnen een redelijke termijn behoren te worden berecht. Naar het oordeel van de rechtbank doet die situatie zich niet voor als het griffierecht niet wordt betaald.
5. Op grond van artikel V van de Wet nadeelcompensatie en schadevergoeding bij onrechtmatige besluiten (Stb. 2013, 50) is artikel 8:73 van de Awb van toepassing gebleven op besluiten en handelingen van bestuursorganen voor zover genomen of verricht in het kader van aan de Belastingdienst opgedragen taken. Hoewel in de jurisprudentie van de Hoge Raad het aantal gevallen waarin een verzoek om schadevergoeding kan worden toegekend is uitgebreid, blijft als voorwaarde gelden dat een verzoek moet zijn gedaan. Uit de plaatsing van de regeling in artikel 8:73 van de Awb kan worden afgeleid dat sprake is van een met de inhoudelijke zaak samenhangend verzoek. Voor een verzoek om vergoeding van schade is geen (afzonderlijk) griffierecht verschuldigd. Dit kan naar het oordeel van de rechtbank worden verklaard uit de samenhang met de beroepszaak. Wanneer het griffierecht niet is betaald, is het beroep niet-ontvankelijk, tenzij redelijkerwijs niet kan worden geoordeeld dat de indiener in verzuim is geweest (artikel 8:41, zesde lid, van de Awb). Die laatste situatie doet zich niet voor, wat betekent dat er geen andere conclusie mogelijk is dan dat het beroep niet-ontvankelijk is. Vanwege de samenhang tussen het beroep en het verzoek heeft naar het oordeel van de rechtbank, evenals bij samenhangende beroepen in de zin van artikel 8:41, derde lid, van de Awb, te gelden dat ook het verzoek niet-ontvankelijk is. Daarmee wordt aan een inhoudelijke beoordeling van de overschrijding van de termijn niet toegekomen. In hoeverre dit anders was geweest indien de redelijke termijn in de beroepsfase was overschreden, kan in het midden blijven, nu die termijn niet is overschreden. Sinds de indiening van het beroepschrift is een periode van minder dan twee jaren, zelfs minder dan anderhalf jaar verstreken.
6. Gelet op het voorgaande zijn het beroep en het verzoek beide niet-ontvankelijk.
7. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.
Deze uitspraak is gedaan door mr. R.A. Eskes, rechter, in aanwezigheid van de griffier. De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 23 september 2016.
Afschrift verzonden aan partijen op: