Overwegingen
1. Verweerder heeft de bezwaren niet-ontvankelijk verklaard wegens het ontbreken van gronden. In de bezwaarschriften zijn inderdaad geen gronden vermeld. De gemachtigde heeft echter bij brief van 19 april 2016 een motivering ingestuurd voor onder andere de onderhavige zaken. Daarin is onder meer opgenomen dat ten onrechte de door eiseres verstrekte administratieve gegevens bij de aanslagregeling niet zijn gevolgd en dat daardoor de belastbare winsten tot een te hoog bedrag zijn vastgesteld en de te verrekenen verliezen tot een te laag bedrag zijn vastgesteld. Naar het oordeel van de rechtbank is hiermee sprake van (summiere) gronden en hadden de bezwaren niet niet-ontvankelijk kunnen worden verklaard wegens het ontbreken van gronden.
2. Verweerder heeft aangevoerd dat de bezwaren ook niet-ontvankelijk zijn voor zover het ambtshalve beschikkingen betreft. Hiertegen staat volgens verweerder geen bezwaar open. Gelet op het bepaalde in artikel 20b, eerste lid, van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 is het standpunt van verweerder onjuist.
3. De enige beroepsgrond van eiseres betreft de stelling dat de hoorplicht is geschonden. Verweerder heeft aangevoerd dat van horen kon worden afgezien, omdat de bezwaren kennelijk ongegrond zijn. Ter zitting heeft verweerder hierover opgemerkt dat de gronden niets nieuws bieden en een herhaling van zetten vormen ten opzichte van hetgeen tijdens de boekencontrole naar voren is gebracht. Naar het oordeel van de rechtbank kan dit niet leiden tot de conclusie dat de bezwaren kennelijk ongegrond zijn. De gronden zijn relevant en kunnen in elk geval theoretisch tot iets leiden. Er is een inhoudelijke beoordeling nodig. Van kennelijke ongegrondheid is slechts sprake als de aangevoerde gronden - zelfs als de daarin begrepen stellingen inhoudelijk juist zouden zijn - niet tot een wijziging zouden kunnen leiden, maar daarvan is geen sprake. Gelet hierop mocht niet van het horen worden afgezien.
4. Eiseres is door het niet horen naar het oordeel van de rechtbank in haar belangen geschaad, omdat zij niet meer in de gelegenheid is gesteld zich nader uit te laten over de relevante feiten en haar interpretatie daarvan. Daarom zijn de beroepen gegrond. De rechtbank ziet aanleiding de zaken terug te wijzen naar verweerder.
5. De rechtbank vindt aanleiding verweerder te veroordelen in de kosten die eiseres in verband met de behandeling van het beroep redelijkerwijs heeft moeten maken. De totale kosten zijn op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 371,25. Dit betreft 1 punt voor het indienen van het beroepschrift met een waarde van € 495, een factor 1,5 vanwege samenhangende zaken en een wegingsfactor 0,5 voor een lichte zaak, omdat alleen de schending van de hoorplicht aan de orde is gesteld. Dit bedrag wordt voor de helft aan eiseres toegekend, omdat vrijwel gelijktijdig een beroep van [C] BV (zaaknummer 16/7679) ter zitting is behandeld waarin dezelfde vragen spelen en waarin dezelfde gemachtigde een vrijwel identiek beroepschrift heeft ingediend. De samenhang van deze procedures wordt te meer bevestigd doordat de brief van 19 april 2016 beide bv’s vermeldt en de gemachtigde in één brief de gronden voor alle zaken heeft aangevoerd.
6. Van overige voor vergoeding in aanmerking komende kosten is de rechtbank niet gebleken. Daarom bedraagt de vergoeding voor eiseres € 185,63.
Deze uitspraak is gedaan door mr. R.A. Eskes, rechter, in aanwezigheid van mr. R.W.H. van Brandenburg, griffier. De beslissing is in het openbaar uitgesproken op 15 december 2017.
Afschrift verzonden aan partijen op:
Rechtsmiddel
Tegen deze uitspraak kunnen partijen binnen zes weken na de verzenddatum hoger beroep instellen bij het gerechtshof Arnhem-Leeuwarden (belastingkamer), Postbus 9030, 6800 EM Arnhem.
Bij het instellen van hoger beroep dient het volgende in acht te worden genomen:
1. bij het beroepschrift wordt een afschrift van deze uitspraak overgelegd;
2 - het beroepschrift moet ondertekend zijn en ten minste het volgende vermelden:
a. de naam en het adres van de indiener;
b. een dagtekening;
c. een omschrijving van de uitspraak waartegen het hoger beroep is ingesteld;
d. de gronden van het hoger beroep.