Overwegingen
1. De rechtbank doet op grond van artikel 8:54 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) uitspraak zonder zitting.
2. Per brief van 11 oktober 2018 hebben eisers verweerder gevraagd om op grond van de Wet natuurbescherming (Wnb) handhavend op te treden tegen het agrarisch bedrijf van belanghebbende. In deze brief stellen eisers dat vanwege de stalgebouwen van dit bedrijf sprake is van een substantiële ammoniakdepositie op omliggende stikstofgevoelige Natura 2000-zones zonder dat een daarvoor vereiste Wnb-vergunning is verleend. Voor de bedrijfs-activiteiten is wel een melding op grond van het Programma Aanpak Stikstof (het PAS) ingediend, maar hieraan komt volgens eisers geen rechtskracht toe, omdat de passende beoordeling die aan het PAS ten grondslag ligt niet aan de wettelijke eisen voldoet.
3. De uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (hierna: de Afdeling) van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1603 en ECLI:NL:RVS:2019:1604, waren voor verweerder reden om het besluit van 27 mei 2019 in het bestreden besluit te herzien.
Onder verwijzing naar deze uitspraken heeft verweerder zich in het bestreden besluit op het standpunt gesteld dat aan een PAS-melding geen betekenis (meer) toekomt en dat voor het beweiden van vee en het bemesten van gronden een Wnb-vergunning is vereist.
4. In het bestreden besluit heeft verweerder overwogen dat naar aanleiding van het handhavingsverzoek van eisers op 5 november 2018 een bedrijfsbezoek bij belanghebbende is afgelegd. Daarbij is volgens verweerder geconstateerd dat de aanwezige stalsystemen en dieraantallen in overeenstemming zijn met de melding van belanghebbende van 28 juli 2015. Ook is gebleken dat het bedrijf van belanghebbende aan beweiding doet.
In het bestreden besluit heeft verweerder bepaald dat, omdat belanghebbende geen verwijt kan worden gemaakt van het niet beschikken over een Wnb-vergunning voor het in de stallen houden van vee en het beweiden daarvan, zij eerst zal worden gewaarschuwd dat hiervoor een vergunning nodig is, voordat handhavend wordt opgetreden. Indien binnen de nog te stellen termijn van drie maanden niet een ontvankelijke aanvraag om een Wnb-vergunning wordt ingediend of de niet-vergunde activiteiten worden beëindigd, zal daartegen handhavend worden opgetreden.
Omdat een waarschuwing geen besluit tot handhavend optreden is, heeft verweerder het verzoek van eisers in het bestreden besluit afgewezen.
5. Per brief van 17 juli 2019 heeft verweerder belanghebbende meegedeeld dat de activiteiten die met toepassing van de uitzondering op de vergunningplicht zonder natuurvergunning zijn gerealiseerd of verricht, alsnog vergunningplichtig op grond van de Wnb zijn en dat zij ook voor het beweiden een Wnb-vergunning nodig heeft. Verder heeft verweerder in deze brief aan belanghebbende meegedeeld dat aan haar een termijn van drie maanden zal worden gegeven voor het indienen van een aanvraag om een Wnb-vergunning voor de vergunningplichtige activiteiten. Daarbij is vermeld dat de termijn van drie maanden aanvangt nadat verweerder haar daadwerkelijk de gelegenheid heeft geboden een ontvankelijke vergunningaanvraag in te dienen, waarbij tevens zal worden aangegeven welke gegevens bij de aanvraag moeten worden overgelegd. In de brief van 17 juli 2019 heeft verweerder aangekondigd dat hierover nog contact wordt opgenomen met belanghebbende.
6. In het aanvullende beroepschrift van 28 augustus 2019 hebben eisers betoogd dat het bestreden besluit niet ongewijzigd stand kan houden, omdat zij hiermee een rechtspositie ontberen indien belanghebbende en verweerder nu niks meer ondernemen. Volgens eisers had verweerder moeten onderzoeken wat de bedrijfshandelingen precies omvatten en had hij daadwerkelijk handhavend moeten optreden tegen de illegale bedrijfsactiviteiten.
7. De rechtbank stelt allereerst vast dat het besluit van 27 mei 2019 in het bestreden besluit volledig is herzien en daarmee is komen te vervallen. Voor zover het beroep van eisers is gericht tegen het besluit van 27 mei 2019, hebben zij daarbij dan ook geen procesbelang meer. De rechtbank zal het beroep in zoverre niet-ontvankelijk verklaren.
Ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Awb heeft het beroep van eisers van rechtswege mede betrekking op het bestreden besluit.
8. De rechtbank stelt vast dat de Afdeling in de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS: 2019:1603, heeft geoordeeld dat activiteiten waarvoor de meldingsplicht gold alsnog vergunningplichtig zijn.
In de uitspraak van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604, heeft de Afdeling overwogen dat, totdat die uitspraak werd gedaan, voor bedrijven geen aanleiding bestond om een Wnb-vergunning te vragen voor het weiden van vee en/of het bemesten van gronden. Om die reden dienden bedrijven waarbij dit speelde, voordat opnieuw zou worden beslist of handhavend wordt opgetreden, alsnog in de gelegenheid te worden gesteld om daarvoor aanvragen te doen. Een termijn van drie maanden achtte de Afdeling hiervoor redelijk.
Deze termijn vangt aan nadat het bestuursorgaan deze gelegenheid heeft geboden,
waarbij het tevens moet aangeven welke gegevens de bedrijven bij de aanvraag voor
de vergunning(en) dienen te overleggen, zodat de bedrijven ook daadwerkelijk in de gelegenheid zijn een ontvankelijke vergunningaanvraag te doen.
9. De rechtbank is van oordeel dat verweerder met het bestreden besluit slechts gedeeltelijk conform de door de Afdeling uitgezette lijn heeft gehandeld. Weliswaar wordt in dat besluit en in de brief aan belanghebbende van 17 juli 2019 een termijn van drie maanden voor het indienen van een vergunningaanvraag gegund, maar begin en einde van die termijn zijn niet bepaald. Daarbij volstaat verweerder met een waarschuwing, wat geen besluit inhoudt. Dat acht de rechtbank in strijd met de rechtszekerheid. Als gevolg hiervan zijn eisers inderdaad in een onzekere rechtspositie komen te verkeren. De rechtbank is van oordeel dat het bestreden besluit om deze reden niet in stand kan blijven.
10. Het beroep, voor zover dat is gericht tegen het bestreden besluit, is kennelijk gegrond.
De rechtbank zal het bestreden besluit, met uitzondering van de daarin opgenomen proceskostenvergoeding, vernietigen en verweerder opdragen om binnen zes weken opnieuw op het bezwaar van eisers te beslissen.
11. Er bestaat aanleiding voor een proceskostenveroordeling. Gebleken is dat de proceskosten van eisers uitsluitend bestaan uit kosten voor door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand. Omdat eisers in één brief dit beroep en de beroepen met de zaaknummers AWB 19/1143 tot en met AWB 19/1151, AWB 19/1153 tot en met AWB 19/1156,
AWB 19/1163 tot en met AWB 19/1165 en AWB 19/1167 hebben ingesteld en in deze zaken op dezelfde dag uitspraak wordt gedaan, merkt de rechtbank deze aan als samenhangende zaken als bedoeld in artikel 3 van het Besluit proceskosten bestuursrecht.
In de zaak met nummer AWB 19/1143 is voor deze 18 beroepen een proceskostenvergoeding toegekend, zodat in deze zaak geen proceskostenvergoeding meer wordt toegekend.
Verder dient verweerder het in deze zaak door eisers betaalde griffierecht aan hen te vergoeden.